高效液相色谱仪的原理是利用不同待分离物质在两相中的亲和力差异，如分配系数、吸附容量等。利用外力，含有样品的流动相（气体、液体）通过固定在柱或平板上的固定相表面，该固定相与流动不相溶。当流动相中携带的混合物流经固定相时，混合物中的组分与固定相相互作用。
液相色谱法只要求样品能制成溶液，不受样品挥发性的限制，流动相可选择的范围宽，固定相的种类繁多，因而可以分离热不稳定和非挥发性的、离解的和非离解的以及各种分子量范围的物质。与试样预处理技术相配合，HPLC所达到的高分辨率和高灵敏度，使分离和同时测定性质上十分相近的物质成为可能，能够分离复杂相体中的微量成分。随着固定相的发展，有可能在充分保持生化物质活性的条件下完成其分离HPLC成为解决生化分析问题很有前途的方法。由于HPLC具有高分辨率、高灵敏度、速度快、色谱柱可反复利用，流出组分易收集等优点，因而被广泛应用到生物化学、食品分析、医药研究、环境分析、无机分析等各种领域。液相色谱仪与结构仪器的联用是一个重要的发展方向。液相色谱-质谱连用技术受到普遍重视，如分析氨基甲酸酯农药和多核芳烃等；液相色谱-红外光谱连用也发展很快如在环境污染分析测定水中的烃类，海水中的不挥发烃类，使环境污染分析得到新的发展。
为了保证高效液相色谱仪使用的稳定性，我们对于设备使用环境是有一定要求的，包括：通风、照明、供电、环境温度和湿度以及洁净度，其中：
1、通风：使用液相色谱仪分析过程中，由于流动相中含有挥发性有机溶剂会产生有害气体，对仪器中的光学元件带来腐蚀，应注意仪器室的通风，以排除室内有害气体、保持空气清新。通风主要有两种方式：一种自然通风，定时打开门窗，让内外空气对流；另一种是强制通风，如用通风柜、排风扇等，及时将有害气体排出室外；
2、照明：室内照明要光线适中，避免阳光直射。为避开直射光线对仪器操作、观测的影响，仪器（显示屏）应侧向光线。实验室窗户要挂窗帘，以便随时调节光照强度；
3、供电：液相色谱室应设有照明电源和动力电源，动力电可供仪器运行使用。为减少噪音的干扰，产品应远离瞬时供电的大功率电器设备，如大型电动设备、电梯、空调系统等。为保证HPLC输液泵的精度，必须要保证稳定的输人电压，为此，建议色谱室应设有和仪器负荷相当的稳压电源；
4、环境温度和湿度：适宜的温度和湿度是保障HPLC仪正常运行、性能稳定的必要条件。一般要求室温在20一30℃之间，日温度变化2一3℃，不要波动太大，否则，在开机分析时会影响色谱分离，夏季一定要控制室温不要超过30℃，温度太高会使流路系统产生气泡，影响检测器的正常工作。室内相对湿度应控制在60%以下；
5、洁净度：悬浮于空气中的颗粒物质会对色谱仪器分析带来干扰，使本底和噪声升高，成为分析测试的污染源，直接影响高纯物质的纯度与痕量杂质的分析。
