高效液相色谱分析柱的分离效果取决于所选择的固定相，以及色谱分析柱的制备和操作条件。
色谱是一种分离分析手段，分离是核心，因此担负分离作用的色谱柱是色谱系统的心脏。对色谱柱的要求是柱效高、选择性好，分析速度快等。市售的用于HPLC的各种微粒填料如多孔硅胶以及以硅胶为基质的键合相、氧化铝、有机聚合物微球、多孔碳等，其粒度一般为3,5,7,10μm等，柱效理论值可达5~16万/米。对于一般的分析只需5000塔板数的柱效；对于同系物分析，只要500即可；对于较难分离物质对则可采用高达2万的柱子，因此一般10~30cm左右的柱长就能满足复杂混合物分析的需要。
色谱分析柱柱材料：
该柱管常采用内壁经过精密加工抛光的不锈钢管，以获得高柱效。不锈钢管耐溶剂、水和缓冲溶液的腐蚀，使用前色谱柱管先用Trichloromethane、甲醇和水依次清洗，再用50%的hno3对柱内壁作钝化处理。钝化时使hno3在色谱柱管中至少滞留10min，以在柱内壁形成钝化的氧化物涂层。
柱管也采用氟塑料、玻璃和玻璃衬里材料，主要是从抗腐蚀和易加工方面考虑。
保证高效液相色谱分析柱的性能和寿命：
1、认证阅读使用说明书
2、使用填充良好的色谱分析柱。
3、使用保护柱及在线过滤器。
4、经常以强溶剂冲洗色谱分析柱。
5、色谱分析柱使用温度*小于400C。
6、尽量减少压力波动，避免机械及热冲击。
7、在水流动相与缓冲浓液中加200ppm的叠氮钠。
8、充分过滤样品及流动相，尽量避免杂质微粒与保强留分成。
9、过夜或储存时，冲洗掉盐和缓冲液，用纯有机溶剂流动相保存。
10、硅胶基质的的色谱分析柱，应保持流动相的PH值范围在3.0~8.0。
11、流动相中含有缓冲溶液，应注意应95∶5的水及有机溶剂过渡，有机溶剂不能低于5%。
