高效液相色谱分析柱的系统由储液器、泵、进样器、色谱柱、检测器、记录仪等几部分组成。储液器中的流动相被高压泵打入系统，样品溶液经进样器进入流动相，被流动相载入色谱柱（固定相）内，由于样品溶液中的各组分在两相中具有不同的分配系数, 在两相中作相对运动时， 经过反复多次的吸附- 解吸的分配过程，各组分在移动速度上产生较大的差别，被分离成单个组分依次从柱内流出， 通过检测器时，样品浓度被转换成电信号传送到记录仪，数据以图谱形式打印出来。
柱结构：
一般色谱柱是由色谱柱管、末端接头、卡套(又称密封环)和过滤筛板等组成。
柱连接方式：
高效液相色谱分析柱柱接头通过过滤片与色谱柱管连接，在色谱分析柱管的上下两端安装过滤片。过滤片一般用多孔不锈钢烧结材料制成，过滤片上的孔径小于填料颗粒直径，可阻挡流动相中极小的机械杂质以保护色谱柱，但流动相可顺利通过。柱入口和柱出口的连接管的死体积越小越好，一般常用窄孔(内径0.13mm)厚壁(1.5～2mm)不锈钢管，以减少柱外死体积。
柱规格：
—般采用直形柱管，标准填充柱柱管内径为4.6mm或3.9mm，长10～50cm，填料粒度5～10um，柱效达5000～10000块理论塔板/m。使用3～5um填料，柱长可减至5～10cm。当使用内径为0.5～1mm的微孔填充柱或内径为30～50um的毛细管柱时，柱长为15～50cm。
当使用粗内径短柱或细内径长柱时，应注意柱内体积减小，由柱外效应引起的色谱峰形展宽。柱外效应是指色谱柱之外的造成色谱峰展宽的因素，主要由进样器、检测器及它们与柱之间的连接管路所产生。此时应对进样器、检测器和连接接头作特殊设计，以减少柱外死体积。
